TKS様
再起動時に保存されていなかったマテリアルが一部なのかすべてなのかで違ってくる為、一概にはいえないところもあるのですが
すべてのマテリアルが反映されていない場合、バグの一つではないかと思われます。一旦新規ファイルに読み込みし直した方がいいかもしれません。
また、おっしゃられている通りLumionを保存する際に都度マテリアルセットの保存をクセづけておくと今後も何かしら不具合が起きたときや、データを新規ファイルに移行するときなどに便利なのでおすすめいたします。
なお、ファイル名やマテリアル名などを日本語にしているとバージョンによっては不具合が出ることもあるので格納フォルダ以下のパスを英語にしてみたりと名前の変更も試してみていいかもしれません。
直接的な解決方法をお答えできずに申し訳ありませんが、少しでもご参考になれば幸いです。
