鈴木様
①更新ボタンは鈴木様の添付されている赤丸で間違いありません。既にご存知だと思いますが、更新の場所と名前の変更があった場合はALTキーを押しながら選択します。
②実際にLumionデータの内容を確認しないと具体的な理由はわかりませんが、バグの一つではないかと思われます。①の件もあるので、一旦新規ファイルに読み込みし直した方がいいかもしれません。
マテリアルセットの保存をしておくと今後も何かしら不具合が起きたときや、データを新規ファイルに移行するときなどに便利です。
また、①②ともファイル名やマテリアル名など自分で名前をつけるものが日本語にしていると不具合が出ることもあるので名前の変更も試してみていいかもしれません。
直接的な解決方法をお答えできずに申し訳ありませんが、少しでもご参考になれば幸いです。