umakiさん
こんにちは
橋本です。

MaterialID出力マップ上のモデルの色を変更するには、
一度モデルを同じモデルに置き換える必要があります。

そのためには[ 選択を置き換える ]ボタンを使用します。
添付画像参照ください。

[ 選択を置き換える ]ボタンをクリックした後、
モデルライブラリで同じモデルを選択してください。

出力後の色が変更されます。